在实际应用中，不同荧光团的选择可根据实验需求进行优化。例如，CY7等近红外染料适用于深层样本或散射较强的环境，因其光信号受背景干扰较小；CY3和CY5则常用于多通道荧光分析，便于同时追踪多个目标；FITC因其良好的水溶性和成熟的检测条件，适用于常规荧光显微观察。此外，通过调控连接方式与化学稳定性，可确保探针在目标环境中保持结构完整，避免过早降解或信号丢失。
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