多肽合成，Retroviral Protease Substrate ；Thr-Phe-Gln-Ala-Tyr-Pro-Leu-Arg-Glu-Ala(多肽合成流程)

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一、应用领域

1. 病毒学研究：用于逆转录病毒（如 HIV-1、HTLV、动物逆转录病毒）的蛋白酶功能验证实验，明确蛋白酶的底物特异性、切割活性及酶学特征；助力解析逆转录病毒复制周期中蛋白酶介导的多聚蛋白加工机制。
2. 酶学实验：作为标准底物，用于逆转录病毒蛋白酶的活性检测、动力学参数（如 Km、kcat）测定，以及酶活性调控因素（如 pH、温度、抑制剂）的筛选与验证。
3. 药物研发：是逆转录病毒蛋白酶抑制剂（如 HIV 蛋白酶抑制剂）研发的核心工具，用于抑制剂筛选、活性评价、构效关系分析及药物作用机制验证。
4. 分子生物学研究：用于验证逆转录病毒蛋白酶在病毒组装、成熟过程中的关键作用，以及与病毒致病性相关的分子机制解析。
5. 诊断试剂开发：作为检测靶点，用于研发检测样本中逆转录病毒蛋白酶活性的试剂盒，为病毒感染的辅助诊断提供技术支持。

二、应用原理

逆转录病毒（以 HIV-1 为典型代表）的基因组 RNA 在宿主细胞内翻译产生 Gag、Gag-Pol 等多聚蛋白前体，这些前体需经病毒自身编码的逆转录病毒蛋白酶（Retroviral Protease, PR）特异性切割，才能生成结构蛋白（如衣壳蛋白、基质蛋白）和功能蛋白（如逆转录酶、整合酶），病毒颗粒才能完成成熟并具备感染性。

该底物（Thr-Phe-Gln-Ala-Tyr-Pro-Leu-Arg-Glu-Ala，单字母序列：T-F-Q-A-Y-P-L-R-E-A）的应用原理核心是 特异性酶切与功能验证：

1. 其氨基酸序列模拟了逆转录病毒天然多聚蛋白前体中的蛋白酶切割位点（核心识别序列为 Tyr-Pro-Leu-Arg，Y-P-L-R），符合逆转录病毒蛋白酶的底物特异性要求 —— 这类蛋白酶通常识别含芳香族氨基酸（如 Tyr）与疏水性氨基酸（如 Leu、Pro）的特定序列 motif；
2. 在体外或细胞内体系中，逆转录病毒蛋白酶可特异性识别该底物的切割位点（通常位于 Tyr-Pro 与 Leu-Arg 之间，或根据不同病毒蛋白酶的特异性调整），并将其水解为两段短肽；
3. 通过检测底物的水解效率（如采用高效液相色谱 HPLC、荧光共振能量转移 FRET 等方法），可定量反映蛋白酶的活性；若存在蛋白酶抑制剂，抑制剂会结合蛋白酶的活性中心（如天冬氨酸活性位点），阻止其对底物的切割，进而通过底物水解效率的下降来评价抑制剂的活性。

三、药物研发中的应用

逆转录病毒蛋白酶是抗病毒药物研发的关键靶点（尤其 HIV-1 蛋白酶，是抗艾药物的核心作用靶点之一），该底物在药物研发中具有不可替代的作用，具体应用如下：

1. 抑制剂高通量筛选：将该底物与重组逆转录病毒蛋白酶构建体外反应体系，加入待筛选化合物库（小分子、肽类等），通过检测底物水解率的变化，快速筛选出能抑制蛋白酶活性的候选化合物；若对底物进行荧光标记（如 N 端荧光基团、C 端淬灭基团），可实现高通量、自动化筛选，大幅提升筛选效率。
2. 抑制剂活性评价与优化：对筛选出的候选抑制剂，以该底物为工具，测定抑制剂的半数抑制浓度（IC50）、抑制常数（Ki）等关键参数，量化其抑制活性；通过分析抑制剂对底物水解的影响模式（竞争性、非竞争性抑制），指导化合物的结构优化，提升抑制剂与蛋白酶活性中心的结合特异性和亲和力。
3. 构效关系（SAR）研究：通过修饰底物的氨基酸序列（如替换核心识别位点的氨基酸），结合抑制剂的抑制活性变化，明确蛋白酶与底物、抑制剂的相互作用位点（如氢键、疏水作用、静电作用区域），为设计高选择性抑制剂提供结构依据 —— 例如，针对 HIV-1 蛋白酶的对称活性中心，可设计对称结构的抑制剂，模拟底物的切割位点构象，提升结合效率。
4. 药物作用机制验证：在细胞水平或动物模型中，将抑制剂与该底物共同作用，通过检测底物的切割效率、病毒多聚蛋白的加工情况、病毒颗粒的成熟度及感染性，验证抑制剂是否通过特异性抑制逆转录病毒蛋白酶活性发挥抗病毒作用，排除非特异性抑制（如细胞毒性）的干扰。
5. 耐药性研究：用于分析耐药性病毒株（如 HIV-1 蛋白酶基因突变株）的底物识别能力变化，评估现有抑制剂对耐药株的抑制效果；同时，以突变型蛋白酶为靶点，利用该底物筛选能克服耐药性的新型抑制剂，或优化现有药物结构。

该底物的序列设计（含逆转录病毒蛋白酶保守识别 motif）确保了其与天然底物的相似性，使其能准确反映蛋白酶的生理活性，成为逆转录病毒蛋白酶抑制剂研发中从候选化合物筛选到临床前验证的核心工具。

产品信息来源：楚肽生物

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Pyr-Gly-Pro-Pro-Ile-Ser-Ile-Asp-Leu-Ser-Leu-Glu-Leu-Leu-Arg-Lys-Met-Ile-Glu-Ile-Glu-Lys-Gln-Glu-Lys-Glu-Lys-Gln-Gln-Ala-Ala-Asn-Asn-Arg-Leu-Leu-Leu-Asp-Thr-Ile-NH2

Ser-Pro-Ser-Asn-Ser-Lys-Cys-Pro-Asp-Gly-Pro-Asp-Cys-Phe-Val-Gly-Leu-Met-NH2 (Cys7,13 disulfide bridge)

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