大家好！今天给大家分享一个在Materials Studio中构建水盒子并进行分子动力学计算的详细教程，适合材料模拟和分子动力学研究的小伙伴们收藏学习哦~
第一步：构建分子模型
1.在菜单栏中选择File > New，打开构建界面。
2.然后选中第一个3D Atomistic Document，点击OK。
3.在新建的文档上，右键选择Rename，重命名为H2O。
4.在菜单栏中选择Build > Add Atoms，开始构建H2O分子模型。
5.添加原子：
1)在Element中填写O，或者也可以从周期表中选择，坐标可以任意填写。
2)填好后，点击Add，MS界面中就多了一个O原子。
3)在MS界面中，用鼠标右键，打开Display Style，选择Ball and stick模式。
4)在菜单栏中找到‘Adjust Hydrogen’自动加H按钮，点击它，这时，就会在O原子上，添加两个H原子。
5)构建好H2O分子后，需要用dmol3或CASTEP优化一下，具体的优化过程这里就不讲述了。
第二步：构建水盒子
1.从Modules → Amorphous Cell → Calculation中打开Amorphous Cell模块。
2.在设置界面中：
Task选择 Construction。
Quality选择Fine。
Density设为 1 g/cm³（默认水的密度）。
Output选择1。
3.在Composition中：
Molecule选择优化后的H2O.xsd文件。
Loading中可以根据需要设置H2O的数量，这里以100个H2O为例。
Weight%中表示分子在整个体系中的占比，这里因为都是H2O，所以是100%。
设置好后，最底部会给出晶胞的大小，这大小会根据上面设置的分子数量以及密度自动调整。
4.都设置好后，点击Run，经过一段时间的运行，就可以得到一个水盒子了。
