A 数学物理科学部
未发现指南有不予受理研究领域相关表述。
B 化学科学部
为使科学家集中精力开展研究工作，上一年度或本年度已获得高资助强度项目[如重点项目、国际（地区）合作研究项目、重大项目、重大研究计划项目、联合基金项目中的重点支持项目/集成项目、国家重大科研仪器研制项目等丁资助的项目或课题负责人，以及申请项目与申请人承担的其他国家科技计划研究内容有重复者，本年度申请低资助强度项目时原则上不再给予支持。
C 生命科学部
生物学一处
植物学（C02）
不予资助：植物与环境互作申请代码（C0205）下不受理农作物和其他经济作物栽培相关研究的申请；植物化学申请代码（C0209）下不受理以植物化学成分的药理学及合成研究为主要内容的申请。
动物学（C04）
不予资助：仅以模式动物为研究材料的医学相关研究申请；以家畜家禽为研究材料的应用研究申请；农业害虫相关应用研究申请。
生物医学科学处
免疫学（C08）
不予资助：涉及人体组织、器官、细胞等的研究未提供伦理委员会审核证明的申请。
生理学与整合生物学（C11）
不予资助：以野生动物（比较生理学除外）、植物、藻类为研究对象以及中医学科的项目申请。
交叉融合科学处
生物材料、成像与组织工程学（C10）
不予资助：非生物学及医学方面的材料学研究。
环境与生态科学处
林学（C16）
不予资助：以动物为研究对象的有效活性成分药物学功能验证（包括抗『肿瘤』）的项目申请；切削刀具研发、林区道路桥梁设计、森林工程机械设备、森工土木建筑等项目申请；不以森林生物质为研究对象的林产化学方向项目申请。
农学与食品科学处
农学基础与作物学（C13）
不予资助：单纯以农业机械、农业物料、设施环境为科学问题或主要研究内容的申请；以畜禽、水产等农业动物为研究对象的申请；以园艺作物、林木、牧草与草坪草、药用植物与中药材、模式植物拟南芥等为研究对象的申请。
食品科学（C20）
不予资助：涉及疾病治疗和药物研究以及利用人体开展临床试验的研究；保健品开发研究；以农业动植物养殖、种植为主要研究内容的项目。
农业环境与园艺科学处
植物保护学（C14）
不予资助：以林木与模式生物（拟南芥、黑腹果蝇等）为主要研究对象的项目申请。
园艺学与植物营养学（C15）
不予资助：以林木及拟南芥等为主要研究对象，以及偏重医学健康研究的项目申请。
农业动物科学处
畜牧学（C17）
不予资助：不以畜禽和蜂蚕等农业动物及伴侣动物为研究对象的申请。
兽医学（C18）
不予资助：不符合动物疾病、人兽共患病、兽医公共卫生及兽医药学研究主体的交叉学科申请。
D 地球科学部
D05 大气科学
D0508到D0511四个申请代码适用于支持在大气科学领域开展新技术与新方法探索的研究，基于已有技术开展理论和应用研究的项目申请不适合选择上述申请代码。
E 工程与材料科学部
未发现指南有不予受理研究领域相关表述。
F 信息科学部
未发现指南有不予受理研究领域相关表述。
G 管理科学部
为优化国家自然科学基金资源配置，保证项目负责人有精力完成好已承担的国家项目，除本《指南》特别说明之外，2025年度本科学部不受理下列申请人的项目申请(优秀青年科学基金项目和国家杰出青年科学基金项目申请人除外【编者注：即青年科学基金项目A类和B类】):
(1)作为项目负责人近5年(2025年1月1日后)已经获得国家社会科学基金资助，但在当年国家自然科学基金项目申请截止日期前，尚未获得全国哲学社会科学工作办公室颁发的《结项证书》者。
注：已获得全国哲学社会科学工作办公室颁发的《结项证书》且2025年作为申请人申请国家自然科学基金(G字头申请代码)项目的，须以附件方式在线提交加盖依托单位法人公章的《结项证书》扫描件。
(2)在2025年度作为申请人申请管理科学部项目、同年又作为负责人申请国家社会科学基金项目。
本科学部不支持将相同或基本相同的项目申请书在不同的资助机构(或不同科学部)间以同一申请人或者不同申请人的名义进行多处申请。对于申请人在以往科学基金项目基础上提出的新的项目申请，应在申请书中详细阐明以往获资助项目的进展情况，以及新项目申请与以往获资助项目的区别、联系与发展；新项目申请与申请人已承担或参加的其他机构(如科技部、教育部、国家社会科学基金、地方基金等)资助项目研究内容相关的，应明确阐述二者的异同、继承与发展关系。
H 医学科学部
医学科学一处
呼吸系统（H01）
不予资助：已发展为肺癌且以肺癌为主要研究对象的肺结节相关研究。
血液系统（H08）
不予资助：非血液系统『肿瘤』的项目申请。
医学科学二处
口腔颅颌面科学（H15）
不予资助：『肿瘤』相关的研究项目。
医学科学三处
老年医学（H19）
不予资助：与衰老机制无关的各器官或系统老年疾病的项目申请。
医学科学四处
生殖系统/围生医学/新生儿（H04）
不予资助：『肿瘤』相关的研究项目。
医学科学五处
影像医学/核医学（H27）
不予资助：『肿瘤』放射治疗与放射防护的申请。
生物医学工程/再生医学（H28）
不予资助：『肿瘤』放射治疗与放射防护、药物学与给药方式的申请。
医学科学六处
运动系统（H06）
不予资助：『肿瘤』相关的研究项目。
检验医学（H26）
不予资助：单纯临床检验参考系统和标准化方面的研究。
医学科学七处
『肿瘤』学（H18）
不予资助：『肿瘤』流行病学研究项目；血液淋巴系统『肿瘤』研究项目。
医学科学八处
不予资助：『肿瘤』学研究项目。
放射医学（H29）
不予资助：『肿瘤』治疗研究项目；放射诊断和影像学项目。
预防医学（H30）
不予资助：非基于人群的单纯实验室研究项目。
医学科学十处
中医学（H31）
不予资助：无中医药研究内容的项目。
中药学（H32）
不予资助：非药用植物、非药用动物、非药用矿物的资源研究
T 交叉科学部
未发现指南有不予受理研究领域相关表述。
