科学研究是运用已有的知识、理论、方法和手段，有目的、有计划地探索未知领域的实践过程。那么，这个过程是从何处开始的呢？
科学研究的起点是科学问题的提出，正如爱因斯坦所言：“提出一个问题比解决一个问题更为重要。”
科学问题在很大程度上决定了科学认识主体观察什么、为什么要观察、如何观察等问题，若不解决这些前置问题，观察活动便无法顺利开展。问题是通过对科学背景知识进行认真分析而提出来的，这些问题推动科学研究向更广阔的领域和更深层的本质迈进。
或许有人会质疑，尽管科学研究始于问题的观点具有一定的合理性，但问题本身源自观察，这是否意味着科学研究实际上始于观察呢？单纯的观察并不能直接产生问题，只有将观察纳入特定的理论框架中进行比较分析，问题才会浮现。
例如，弗莱明的观察之所以成为问题，是因为它与他脑中的理论产生了矛盾。按照理论，葡萄球菌在培养基中的繁殖区域理应呈现均匀的黄色，当观察事实与理论相冲突时，弗莱明经过深思熟虑，提出了导致青霉素发现的问题。
因此，问题的产生更多地源于对科学背景知识的分析，而非单纯的观察。至少可以说，问题产生于新的观察事实与现有科学理论规范之间的矛盾。
还有些科学研究的起点是从分析批判现有理论开始的。在观察事实与科学背景知识发生冲突，或对现有理论知识的分析产生疑难时，才会激发科学家探索自然奥秘的强烈欲望，产生寻找问题答案的好奇心，从而进入求解问题的研究过程。正如波普尔所言：“正是同题才激励我们去学习，去发展我们的知识，去实验，去观察。”
科学研究始于问题与科学认识源于实践的观点并不矛盾，它们是从不同角度提出的两个哲学命题。科学研究始于问题，并不否定实践基础，而是将一般认识论原则具体化于科学研究过程中。科学问题的提出，既包含了先前实践和认识的成果，又预示了进一步实践和认识的方向。
