肛门直肠畸形的预后与畸形类型、有无合并其他畸形、治疗时机与效果等因素有关。多数患儿经过规范治疗后能够获得较好的排便控制功能，但部分复杂畸形患儿可能存在长期排便功能障碍。
低位肛门直肠畸形如肛门狭窄、肛门闭锁伴瘘管等，通常预后良好。这类畸形手术矫正相对简单，术后直肠位置接近正常，肛门括约肌功能受损较轻。患儿在接受肛门成形术后，通过系统的排便训练和康复指导，大多可以建立较为规律的排便习惯，排便控制能力接近正常儿童。日常生活中注意饮食调理，保证足够的膳食纤维和水分摄入，有助于维持大便通畅。
高位或中位肛门直肠畸形如直肠闭锁、直肠尿道瘘等，预后相对复杂。这类畸形常伴有盆底肌肉和神经发育异常，手术难度较大，术后可能出现肛门狭窄、大便失禁或便秘等并发症。即使手术成功，部分患儿也可能需要长期进行肠道管理，如使用灌肠程序来保持清洁，减少粪便污染。合并脊柱、心脏、食管等其他系统畸形的患儿，其整体预后还会受到这些合并症的影响，需要多学科协作进行长期随访和干预。
肛门直肠畸形患儿术后需要长期随访，定期评估排便功能、生『长发』育情况。家长应积极配合医生进行康复指导，帮助孩子建立良好的排便习惯，注意肛门局部清洁护理，预防肛周皮肤炎症。对于存在排便功能障碍的患儿，早期进行生物反馈治疗等康复训练有助于改善生活质量。若出现排便困难、大便失禁加重等情况，应及时返院复查。
