王玉玲在1993年1月24日不幸遇难，当时她与男友谢昌龙正在夏威夷度假。两人加入了一个台湾旅游团，团里有45人，计划参观基拉韦厄火山。这个火山自1983年起便处于活跃状态，熔岩入海的壮观景象吸引了大批游客。为了观赏这一景象，游客们选择了空中游览，乘坐直升机，每架直升机载4至6人。王玉玲和谢昌龙所乘的直升机是贝尔206型，机上共有五人，包括她、谢昌龙、陈台福、陈正华和飞行员。起飞后，飞机沿着熔岩流的路径飞行，飞行高度较低，容易受到热浪的影响。火山灰进入了引擎，导致了故障，机身剧烈摇晃后坠入海中。
王玉玲的意外去世引发了台湾演艺圈的悼念。1993年2月21日，台湾台北第二殡仪馆举行了她的追悼会，众多艺人出席。华视制作了纪念节目《华视永远的女儿-王玉玲专辑》，回顾了她的经典作品，并剪辑了她的片段。她的墓地位于新北八里明园大佛寺，粉丝们经常前往悼念她。由于当时大陆的信息传递较慢，许多观众在看完《婉君》后，期待她的新作品，却并不知道她已经离世，直到网络时代才得知消息。时至今日，她的剧集仍在重播，观众们依然在讨论她所饰演的崔尚琪角色。
