马卫军的面庞，加上军装与日语台词，让人难以分清他是在演戏还是在生活。其实，他是个地道的甘肃人，从小在酒泉长大，父母都是普通的工人。生于1956年的他，家境虽一般，却并不缺少童趣，父母忙于工作，年轻的马卫军便自己玩耍长大。小时候，他对话剧产生了浓厚的兴趣，觉得那些在舞台上变换角色的人物十分迷人。
高考落榜后，马卫军走进了兰州制药厂，开始了他的白领生涯。没想到，在厂里的一次活动中，他被推上去表演，意外地赢得了大家的喜爱。于是，他决定报考兰州话剧团，迈出了追梦的第一步。在话剧团里，他颇有收获，但总觉得不够，于是在稍后又考入了绵阳文工团。在八十年代初，他在那儿混迹，虽然只能演一些小角色，但他没有放弃努力。
1987年，马卫军参与了《喻培伦大将军》的演出，这是他早期的代表作品之一。1988年，他在电影《戴勋章的走私犯》中首次饰演日本军官赵四喜，成功吸引了注意。然而，由于不会说日语，他决定去学习，而那个年代的出国热潮也促使他前往日本，计划在那边一边学习日语，一边磨练演技。
初到日本的马卫军一无所知，只能从最基础的阶段开始，甚至需要找兼职来维持生活。经过一年的努力，他终于能够流利地使用日语，还找到了稳定的工作。在日本，他也结识了一位同为中国人的妻子，两人一见如故，步入婚姻的殿堂，并在异国安顿下来，育有一子。马卫军在日本生活了十多年，过上了普通白领的日子，还曾参与编剧工作，创作了电影《安居》，该片荣获金鸡奖最佳故事片，马卫军也因此获得了最佳剧本的提名。虽然定居日本是出于家庭原因，但他始终没有改国籍，依然是个中国人。
回到祖国后，他需要重新适应生活。2006年，他在影片《极限追捕》中复出，饰演马局长，这是他重返荧屏的开端。次年，他在《兄弟连》中演绎角色矢内雄二，因其出色的表现而受到观众热议，令人对他的演技赞不绝口。此后，他频繁接演日本军官角色，迅速成为这一形象的代表。他参与的作品如《我的兄弟叫顺溜》、《雪豹》、《黑狐》及《穿越烽火线》等，他们几乎都在塑造类似的大佐角色。尽管演技出众，片约频繁，马卫军却遭到了部分观众的指责，认为他过于像日本人，甚至大声呼吁他离开中国。对此，他曾回应道：“我始终是中国人，只是在演戏而已。”
近年来，马卫军继续活跃在银幕上，参演了《笨贼向前冲》和《人世间》等节目。然而，尽管观众仍然认定他是个善演反派的演员，他仍旧不停接下这样的角色以养家糊口。拍戏空隙，他往往飞回日本看望妻子和孩子，生活中他享受抽烟喝酒的乐趣，圈里人都称他为酒蒙子。
然而，2023年初，马卫军突然察觉到脖子肿胀，经过检查后被确诊为喉癌。尽管身体状况不佳，他仍坚持完成最后一部作品，之后便前往日本接受治疗。遗憾的是，在2023年9月13日，他在东京的医院里离世，享年67岁。
马卫军一生的演艺之路充满了波折，早年充满坎坷，中年漂泊海外，直到晚年才迎来事业的巅峰。虽然选择定居日本是出于家庭考虑，他在现实生活中并没有造成伤害，依旧保持中国国籍。去世后，围绕他的选择产生了讨论，有人感到遗憾，但也有人认为他为抗日剧作出了重要贡献，创建了许多经典角色，让这一题材变得更加真实。
